In quanto isola dell’arcipelago più lontana dalla costa continentale, è la realtà insulare più marittima, più vicina alla costa della Corsica che a quella toscana.
Unica isola vulcanica dell’arcipelago, Capraia è un piccolo paradiso geologico originato da una doppia eruzione; una falesia rosso fuoco a picco sul mare, Cala Rossa, è ciò che resta del cratere del vulcano sprofondato in mare milioni di anni fa.
Abitata sin dal neolitico, alcuni reperti rivelano il passaggio di fenici, greci, etruschi e un insediamento romano; per proteggerla dagli assalti di turchi e saraceni, nel XVI secolo i Genovesi costruiscono la fortezza di San Giorgio e numerose torri costiere.
Dalla seconda metà del XIX secolo al 1986 è stata attiva una colonia penale agricola.
Grazie all’isolamento geografico, quasi il 3% delle oltre 650 specie vegetali censite è endemico e sono presenti specie rarissime come la linaria capraria, la borragine nana e la centaurea di Capraia.
L’avifauna comprende importanti specie stanziali e migratorie, tra gli uccelli marini da segnalare i marangoni dal ciuffo, le berte e il gabbiano corso; nelle acque protetta del Santuario Pelagos nuotano balenottere e stenelle.